Pada tahun 1993 dimulai penempatan Masyarakat di desa dan 1994 peresmian masyarakat transmigrasi dan dinamai dengan Desa Waukuni tepatnya tanggal 22 Februari 1994 yang diresmikan oleh Menteri Transmigrasi Siswono Yudo Husodo dengan total penduduk terdiri dari 200 kepala keluarga per KK. Luas wilayah desa Waukuni yang ditunjukkan pemerintah Kabupaten Muna pada tahun 1993 yaitu 4825 hektar..