Desa Waukuni merupakan sebuah desa transmigrasi lokal yang resmi berdiri pada tanggal 22 Februari 1994. Desa ini terletak di Kabupaten Muna, dengan luas wilayah sebesar 4.825 hektar. Awal pembentukannya dimulai pada tahun 1993, ketika masyarakat mulai ditempatkan di desa ini. Pada tahun berikutnya, desa ini diresmikan oleh Menteri Transmigrasi, Siswono Yudo Husodo, dengan jumlah penduduk awal sebanyak 200 kepala keluarga (KK). Desa Waukuni menjadi bukti dari program transmigrasi yang bertujuan untuk pemerataan penduduk dan peningkatan kesejahteraan masyarakat..